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该剧讲述副局长曲江河与新任局长严鸽联手追查一起陈年旧案，并因此将潜伏在体制内部的贪腐分子一网打尽的故事。
一封举报沧海市著名企业巨轮集团掩盖当年矿难真相，使得副局长曲江河成为这场战役的焦点人物，他介入调查的时候，才发现现实中黑白之间的阵线已然没有泾渭分明的界线，出于各种利益需要，他的对手和他的朋友，乃至他的上级都要求掩盖事实的真相，而新到任的女局长严鸽也没有想到现实是如此残酷和壮烈。掩盖是比罪恶本身更大的罪恶。
警局突然收到一封信件，其内容是举报当地知名企业巨轮集团曾在多年前掩盖一起矿难真相，警局收到信件后立刻行动，并任命副局长曲江河成为案件的主要负责人。
就在曲江河准备调查线索的时候，他意外发现，自己的老对手、朋友甚至是领导，出于各自的目的，纷纷向他施压，让他放弃寻找真相。好在曲江河并非孤军奋战，新上任的女局长严鸽性格直爽、正义感爆棚，当她意识到曲江河的艰难处境后，立刻加入到调查队伍中，最终两人携手拨开迷雾，不但惩治了罪犯，还将潜藏在内部的犯罪保护伞连根拔起。
《消失的十一层》中曲江河和孟川生是义兄弟关系，剧中他们没有血缘关系，但是他们的兄弟感情却很好。
但是随着当年矿难案件重启调查，曲江河发现，他其实不了解孟川生。
曲江河前往现场调查时，却发现内鬼已经把消息告知了孟川生。孟川生得知消息后，迅速离开了公墓，曲江河看在眼里。他几乎可以确定孟川生就是这一切的幕后元凶。尽管亲情不能阻止他追寻正义，但兄弟之间的关系让他感到困惑和无所适从。
曲江河一直视孟川生为自己的亲兄弟，他们之间曾经有着无话不谈的兄弟情谊。然而，现在曲江河面对的是一个危险的罪犯，而他的大哥竟然是罪行的幕后主使。这让他感到心痛和无法接受。
他不知道该如何面对这个事实，内心充满了矛盾和困惑。一方面，他内心深处仍然爱着孟川生，希望他能够悔过自新，重新回到正途。另一方面，他作为一名警察，不能容忍罪犯逍遥法外，必须追求正义。
曲江河知道，他必须采取行动，将孟川生绳之以法。尽管这个决定对他来说非常艰难，但他相信这是他作为一名警察和兄弟应该做的。
他深吸一口气，下定决心，决不让感情左右自己的行动。曲江河开始着手调查孟川生的行踪，希望能尽快将他绳之以法，还给受害者一个公道。在这个过程中，他必须面对自己内心的挣扎和痛苦，但他相信，正义终将战胜邪恶，兄弟之间的纽带也将重新得以修复。
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六年前已被定性的矿下透水安全事故，因为一只头骨的被挖出，而再次被警方注意到。与此同时，野人山上突然出现的森林警察竟是六年前矿上械斗案的杀人逃犯，而这两起案件都与和众集团相关。
公安局常务副局长曲江河在调查相关案件途中，发现总有一只无形的大手在阻碍调查，敌人总是先一步发现警方的动作，从而提前毁灭证据，导致调查难以进行。
曲江河意识到警方内部甚至更高的位置也许存在着叛徒及保护伞，而更令他难以接受的是，他发现跟自己有着过命交情的义兄——和众集团董事长孟川生竟是最大阻力，也是幕后真凶。
为了将这股黑恶势力连根拔起，扫清金川市的腐枝毒瘴，曲江河不惜自污来打入敌人内部，挣扎在法与情的边缘，徘徊于光和暗的界线，最终成功将犯罪集团绳之以法，在保护了人民的生命财产安全的同时，也坚守住了警察的本心和荣誉。